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법률칼럼Legal Insight통합2026. 09. 07

조세전문변호사 | 부가가치세부과처분취소, 사례로 살펴보는 조세불복 대응 방법

사업이나 부동산 거래 과정에서 예상하지 못한 부가가치세가 부과되었다면 납세자 입장에서는 당황스러울 수 있습니다. 특히 실제 거래 과정과 과세관청이 파악한 내용 사이에 차이가 있다면 더욱 난감한 상황일텐데요. 이번 글

사업이나 부동산 거래 과정에서 예상하지 못한 부가가치세가 부과되었다면 납세자 입장에서는 당황스러울 수 있습니다. 특히 실제 거래 과정과 과세관청이 파악한 내용 사이에 차이가 있다면 더욱 난감한 상황일텐데요.

이번 글에서는 부가가치세부과처분 상황에서 어떤 부분을 살펴보아야 하는지 알아보도록 하겠습니다.

조세전문변호사

1. 부가가치세부과처분이란?

부가가치세부과처분은 사업자의 신고 내용 등과 과세관청의 조사·확인 결과에 차이가 있는 경우 이루어질 수 있는 과세처분입니다.

실무에서는 다음과 같은 사유로 부가가치세가 추가로 부과되는 경우가 있습니다.

CHECK POINT
가공세금계산서
가공세금계산서의 수취 또는 발급으로 판단된 경우
매입세액
매입세액 공제가 부인된 경우
매출 누락
매출이 누락된 것으로 판단된 경우
사업 관련성
사업과 관련 없는 비용으로 판단된 경우
실제 거래관계
명의상 거래와 실제 거래가 다르다고 판단된 경우
과세표준
과세표준 산정에 오류가 있다고 판단된 경우
i
과세관청의 판단만으로 처분의 정당성이 결정되는 것은 아닙니다.
과세관청이 해당 거래를 가공거래라고 판단했다는 이유만으로 그 처분이 곧바로 정당하다고 볼 수 있는 것은 아닙니다.

따라서 부가가치세부과처분을 받았다면 단순히 부과된 세액만 확인하기보다, 과세관청이 어떠한 사실관계를 근거로 처분을 내렸는지부터 꼼꼼하게 살펴보는 것이 중요합니다.

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2. 부가가치세부과처분취소, 실제 거래관계를 입증한 사례

① 의뢰인 상황

의뢰인은 적법한 매매계약을 통해 토지를 취득한 후, 자신의 자금으로 해당 토지 위에 건물을 신축한 후 승인을 받아 사업을 운영하고 있었습니다.

당시 건물 신축과 관련해서는 관계 법령에 따라 부가가치세를 면제받았지만, 이후 자금 사정으로 인해 일부 부가가치세를 납부하지 못한 상황이 발생하였습니다.

이후 세무서는 부동산의 등기상 소유관계 등을 확인한 뒤, 의뢰인이 신축한 건물을 기존 토지 소유자에게 무상으로 이전한 것으로 보아 기존에 면제되었던 부가가치세를 다시 부담해야 한다고 판단했습니다.

이에 따라 의뢰인에게 약 5,700만 원의 부가가치세를 환급하라는 처분이 내려졌습니다.

② 마중의 조력

과세관청은 등기부 등에 나타난 외형을 중심으로 의뢰인이 건물을 전 토지 소유자에게 무상으로 넘긴 것으로 판단했습니다. 하지만 실제 거래 과정을 살펴보면 이와 다른 부분이 있었기 때문에, 마중은 실제 거래관계를 객관적인 자료로 설명하는 데 중점을 두었습니다.

WHY MAJUNG?
마중은 이렇게 조력했습니다
토지 매매를 통한 실제 취득 여부 확인
먼저 의뢰인이 해당 토지를 단순히 넘겨받은 것이 아니라 실제 매매계약을 체결하고 대금을 지급하여 취득했다는 사실부터 확인했습니다. 이를 뒷받침하기 위해 매매계약서와 금융거래내역 등 관련 자료를 살펴보고, 의뢰인이 실제로 토지를 매수한 과정을 구체적으로 정리했습니다.
건물을 무상으로 넘겼다고 보기 어려운 이유 설명
또한 건물의 소유권과 관련해서도 실제 상황을 하나씩 확인했습니다. 등기부상 명의만 보면 의뢰인이 건물을 상대방에게 넘긴 것처럼 보일 수 있지만, 실제로 의뢰인이 건물을 무상으로 공급하거나 양도한 사실이 있었는지는 별도로 살펴볼 필요가 있었습니다. 이에 마중은 계약 내용과 실제 거래 과정 등을 바탕으로 단순히 등기부상 외관만으로 무상공급이 있었다고 판단하기 어렵다는 점을 설명하고, 과세관청의 판단이 실제 거래관계와 맞는지 다시 검토해 줄 것을 주장했습니다.

③ 사건 결과

RESULT
실제 거래관계를 종합적으로 검토
마중의 대응 결과, 조세심판원은 해당 부가가치세 처분에 대해 과세관청의 판단을 그대로 유지하기 어렵다고 보았습니다. 특히 서류상 외관만을 기준으로 거래관계를 판단하기보다는 실제 거래의 내용과 관련 자료를 종합하여 판단할 필요가 있다는 점이 중요하게 다루어졌습니다.
약 5,700만 원의 부가가치세 관련 처분 취소
그 결과 의뢰인에게 부과되었던 약 5,700만 원의 부가가치세 관련 처분은 취소되는 결과를 얻을 수 있었습니다.

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3. 부가가치세부과처분취소, 전문가 조력이 중요한 이유

세금 처분을 받으면 당사자는 실제 거래가 어떻게 이루어졌는지 잘 알고 있더라도, 그 내용을 어떻게 대응 절차에서 활용해야 하며, 어떻게 주장을 소명해야 하는지 판단하기 어려울 수 있습니다.

특히 부가가치세 사건에서는 계약서나 대금 지급 내역, 등기자료 등의 관련 자료를 함께 살펴보며 실제 거래 내용과 과세관청의 판단이 어떻게 다른지 확인하는 과정이 필요합니다.

또한 조세불복은 정해진 기간과 절차에 따라 진행해야 하므로, 처분을 받은 후에는 무엇이 문제인지 정확히 파악하고 그에 맞는 대응 방법을 마련하는 것이 중요합니다.

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부가가치세 처분에 대응할 때는 구체적인 사실관계와 증빙자료를 바탕으로 쟁점을 정확히 파악하는 것이 중요합니다.
단순히 억울한 사정을 전달하기보다, 계약서·대금 지급 내역·등기자료 등 관련 자료를 바탕으로 실제 거래 내용과 과세관청의 판단이 어떻게 다른지 확인하고 그에 맞는 대응 방법을 마련할 필요가 있습니다.

따라서 부가가치세 처분에 대응할 때는 단순히 억울한 사정을 전달하기보다, 구체적인 사실관계와 증빙자료를 바탕으로 사건의 쟁점을 정확히 짚어내는 전문가의 조력이 도움이 될 수 있습니다.

WHY MAJUNG?
부가가치세부과처분취소, 왜 마중일까?
조세전문변호사의 경험을 바탕으로 한 대응 전략
마중의 조세전문변호사는 대한변협 인증 세무변호사회 경력과 다수의 부가가치세부과처분취소 사건 수행 경험으로 사안별 최적의 대응 전략을 모색합니다.

부가가가치세부과처분으로 대응을 고민 중이시라면 마중의 실력과 경험을 갖춘 조세전문변호사와 함께 대응해보시길 권유 드립니다.

※ 위 내용은 일반적인 판단 기준을 토대로 작성된 것으로, 정확한 대응 방법과 법률 정보는 반드시 전문가를 통해 확인하시기 바랍니다.

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